Общее собрание является законодательным органом РКС, высшим руководящим органом, созываемым не реже одного раза в 3 года.

Постоянно действующим руководящим органом является Правление РКС, коллегиальный орган, которое избирается из членов Союза на 3 года в количестве определяемым Общим собранием. Правление РКС осуществляет текущее руководство деятельностью Союза в период между Общими собраниями РКС.

Общее собрание избирает из числа членов Союза Президента Российского Книжного Союза на 3 года.

Президиум является постоянно действующим совещательным органом Правления РКС, члены которого избираются из состава Правления РКС.

Реализация постоянных функций РКС осуществляется Комитетами под руководством Председателей и непосредственном курировании вице-президентами соответствующих направлений.
Исполнительный вице-президент РКС входит в состав Правления РКС и утверждается в должности сроком на 3 года. Исполнительный вице-президент РКС обладает представительскими функциями в государственных, коммерческих и общественных организациях, его деятельность направлена на эффективное решение уставных задач, обеспечение согласованного функционирования и взаимодействия органов управления РКС, региональных отделений и членов РКС, разработку и реализацию общероссийской Программы поддержки и развития чтения, выполнение долговременного стратегического плана развития РКС.

Исполнительный директор РКС является единоличным исполнительным органом, назначается и смещается с должности решениями Общего собрания по представлению Правления РКС. С момента назначения и до момента смещения с должности Исполнительный директор Союза является членом Правления. Исполнительный директор назначается на 3 года.

Разработка отраслевых стандартов, проектов, программ осуществляется Комитетами, Комиссиями и рабочими группами. Комитет – постоянная организационная структура. Комиссия – создается для разработки или реализации проекта продолжительностью более 6 месяцев и наличием запланированного бюджета. Рабочая группа формируется для работы по отдельным проектам, чей срок не превышает 6 месяцев, и для которых не был предусмотрен бюджет.

Ревизию финансовой и хозяйственной деятельности осуществляет Ревизор, избираемый Общим собранием на срок не свыше одного года.

Отдельные функции могут быть реализованы коммерческими подразделениями РКС (организация выставок, организация проведения семинаров, обучения, тренингов).